地理学分为三个主要组织水平和相应学科，即1）研究整个地理环境综合特征的，称综合地理学；2）分别研究自然地理环境、经济环境和社会文化环境的为综合自然地理学、综合经济地理学和综合人文地理学；3）分别研究上述三种环境中各要素的学科统称为部门地理学^[2]。例如部门自然地理学、部门经济地理学（包括工业地理学、农业地理学等）、部门人文地理学（包括人口地理学、文化地理学等）。

按照上述层次性观点，自然地理学的分科主要涉及两个层次：即研究自然地理环境整体特征的，称为综合自然地理学；研究自然地理环境各组成要素的，称部门自然地理学。部门自然地理学包括气候学、地貌学、水文学、土壤地理学、生物地理学等。它们以组成自然环境的某一要素为具体对象，着重研究这个要素的组成、结构、时空动态、分布特征和规律。虽然部门自然地理学各有分工，但是每一个研究对象的存在和发展变化，都是以整体的自然地理环境为背景，而且不同程度地以其他组成要素为因素或条件。