随着考古学不断的新发现和分子生物学的最新发展，达尔文的生物进化论遇到前所未有的严重挑战。  
达尔文的进化论是一套渐进式（Gradualism）的理论。达尔文理论认为：自然选择必须靠极度微小并对生物有利的遗传改变，长期不断地累积才能发挥作用。他给赖尔（Charles Lyell）的信中说:“如果我的自然选择论必须借助……突然进化的过程才能说得通的话，我将弃之如粪土。……如果在任何一个步骤中，需要加上神奇的进步，那自然选择论就不值分文了。”主张进化论的人说，每次的遗传改变必须是极其微小甚至是不能觉察的改变，经过漫长的自然选择，动植物才渐渐进化出新种来。高等动物是由低等动物进化而来，生物界全体的关系好比是一棵大树，同出一源，低等的生物好比树根，高等的种类好比树枝，如此这般，进化是连续不断的，渐渐改进的。这是生物学上有名的“进化树”。 首先的挑战来自于考古学发现。如果生物的产生真的如达尔文进化论那样，从一种简单低等生物进化到另一种复杂较高等生物，中间必须经过无数代具有微小差异的不同形态的生物，但是，迄今为止，考古学并没有这样的发现，任何种类的生物都是各从其类，找不到任何中间生物。进化论说动物演化过程是这样的：原始的单细胞微生物、多细胞微生物、海中低等生物、有壳生物、鱼类、两栖类、爬虫类、鸟类、哺乳类、灵长类、猿、人类。考古从来就没有发现介于两类之间的生物，那么从一类进化到高的另一类，是如何慢慢进化的？如何解释这些“失落的环节”？ 例如，经过100多年的考古发现，如果人类是由类人猿进化而来的，那么从类人猿到今天人类的各个阶段历史时期，都应该有其特征的证据——包括各阶段的化石和相应的文化遗址、工具等。可是类人猿时代的化石找到了，人类的化石找到了，而从类人猿进化到人类中间阶段的化石却没有。如果这样的话，所谓人从类人猿进化来的假说只能成为空中楼阁。1892年“嘉伯人”的例子曾经轰动一时。考古学家杜波瓦在嘉伯发现了一块很象猿的头盖骨的骨片，在40英尺以外又发现了一块大腿骨。所以他说，显然这是属于同一个生物的。这个生物象人一样直立行走，又具有猿一样的头骨，这一定就是那个过渡环节。但后来证实这分别属于是一百万年前一起生活在嘉伯的一个猿和一个人。由唐纳德．乔汉森在东非大裂谷发现的 “露西”，曾被认为是早已消失的人和猿的共同祖先，但现在科学家已经鉴定其为一种绝种的猿，属于“南方古猿阿法种”，跟人没有关系 。  

再举个例子，在长达38亿年的化石记录中，最令人费解的是“寒武纪生命大爆发”（Cambrian Life’s Explosion）或称作“寒武纪生命大爆炸”（Cambrian Life’s Big Bang），指绝大多数动物门类在寒武纪就象“爆炸”一样突然出现）。1995年5月25日《人民日报》海外版刊登了纽惟恭的报道:《澄江化石生物群研究成果瞩目》，他指出，“寒武纪生命大爆炸”是全球生命演化史上突发性重大事件，对其进行深入研究，可能动摇传统的进化论。1995年7月19日《人民日报》又发表《向进化论挑战的澄江化石》一文。作者丁邦杰指出，达尔文进化论的中心论点是：生物种是逐渐变异的。但是距今5.3亿年的寒武纪早期，地球的生命存在形式突然出现了从单样性到多样性的飞跃。