（1）研究性学习往往需要更多的时间，需要小班化教学，需要充足的材料，但现实中绝大多数学校都做不到小班化教学。

（2）研究性学习往往需要学生走出材料，到户外或社会上进行考察和调研，由于安全问题日益敏感，现在要组织学生搞一次出校门的考察或调查活动极为困难。

（3）相对于过去按照预定的教案，按部就班地开展讲授式教学来说，研究性教学对教师提出了更高的要求。一方面，教师需要在课前做比过去更多的准备工作；另一方面，在学生的探究过程中，教师又必须面临和应对大量不可预期的、随机出现的问题。

（4）在实际教学中，教师什么时候介入、如何介入学生的研究性过程，教师很难把握好分寸。有时候，学生还没有充分地自主探究多长时间，教师就介入进去，以致剥夺了学生本可以自主尝试和发现的机会，以及从教训中进行学习的机会；有时候，学生已经处于茫然无助、停滞不前的状态，教师还无动于衷，漠然以对。

（5）如何对学生的研究性学习过程及结果进行评价，尽管有不少学者做过一些探讨，提供了一些策略和方法（如根据学生完成探究任务的实际表现来进行评价，采用表现性评价或档案袋评价等），但这些策略与方法在实践上往往难以操作，实施起来费时费力，要求评价者具有较高的评价素养。

（6）作为第一线的教师，除了要面对生存的压力，还要面对考试竞争的压力。由于搞研究性学习难以收到立竿见影的效果，对提高学生的考试成绩帮助不大，这对于多数还在为分数而苦苦奋斗的教师和学生来说，提倡探究无异于天方夜谭。